คลื่นแห่งไคจูโผล่ออกมาจากเขตอุตสาหกรรมในโตเกียว กระตุ้นให้กัปตันเกนโตะและหน่วยปฏิกิริยาไคจูพิเศษ (SKaRD) เข้าร่วมการต่อสู้อย่างไม่หยุดยั้ง การโจมตีไคจูอันไม่มีที่สิ้นสุดยังคงดำเนินต่อไป เมื่อสงสัยว่ามีความเชื่อมโยงกับ Necromass Co. ซึ่งเป็นบริษัทเคมีขั้นสูงที่วิจัยซากไคจูและเป็นเจ้าของโรงงานในพื้นที่อุตสาหกรรมที่เป็นแหล่งกำเนิดของสัตว์ประหลาด SKaRD จึงรีบไปหาซีอีโอของบริษัทและนักเคมีชื่อดัง ดร. มาบุส ที่ศูนย์วิจัยของ Necromass Co. ดร. Mabuse อธิบายถึงการพัฒนาของ damudoxin ซึ่งเป็นสารที่จวนจะบรรลุความเป็นอมตะ ในขณะเดียวกัน Alien Damuno ที่อ้างตัวเองว่าเป็น “ผู้ปกครองจักรวาล” ก็ปรากฏตัวขึ้น ความโกลาหลเกิดขึ้นเมื่อดามูดอกซินรั่วไหลออกจากถังที่ถูกทำลาย กินตัวอย่างซากไคจู และก่อให้เกิดกงกิลกันยักษ์ ซากปีศาจ ตั้งอยู่ในโตเกียว เมืองหลวงของญี่ปุ่น อุลตร้าแมนบลาซาร์และ SKaRD ปะทะกันในการประลองกับไคจูยักษ์!